آیت الله خمینی وقتی در تابستان ۶۷ فرمان داد که «کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سرموضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند محارب و محکوم به اعدام می‌باشند»، ناگهان ارتباط زندان‌ها با دنیای خارج بریده شد.و تنها هیئت بازپرسی قرار شامل یک قاضی شرع، دادستان انقلاب و یک افسر عالیرتبۀ اطلاعاتی امکان ورود یافتند. بنا بر گزارش بنیاد برومند، این هیات مسوول تفتیش عقیده زندانیان عقیدتی شد و رای به «محارب» بودن تعداد زیادی از زندانیان داد.
این گزارش می‌افزاید: «هیئت بازجویان تنها یک پرسش از زنان و مردان جوانی داشت - که بیشترشان در اوایل دهۀ١٣٦٠، فقط به اتهام شرکت در تظاهرات خیابانی یا اجتماعات سیاسی، و یا داشتن نوشته‌های "سیاسی" بازداشت و به زندان محکوم شده بودند. زندانیان نمی‌دانستند که مرگ یا زندگی‌شان بسته به پاسخی است که به پرسش بازجویان می‌دهند. چشم زندانیانی را که بر عقاید سیاسی و مذهبی خود پافشاری می‌کردند می‌بستند و گروه گروه به سمت چوبه‌های دار می‌فرستادند و سپس پنهانی اجساد آنان را در گورهای جمعی دفن می‌کردند.»
آیت الله منتظرى در آن زمان در نامه معروف خود به خمينى می نویسد :
» آيا ميدانيد كه جناياتى در زندانهاى جمهورى اسلامى بنام اسلام در حال وقوعند كه شبيه آن در رژيم منحوس شاه هرگز ديده نشد؟ آيا ميدانيد كه تعداد زيادى از زندانيها تحت شكنجه توسط بازجويانشان كشته شده اند؟ آيا ميدانيد كه در زندان (شهر)مشهد, حدود ۲۵ دختر بخاطر آنچه بر آنها رفته بود … مجبور به درآوردن تخمدان يا رحم شدند؟ آيا مي دانيد كه در برخى زندانهاى جمهورى اسلامى دختران جوان به زور مورد تجاوز قرار ميگيرند … «
