بهاییان در دوران سلطنت دودمان پهلوی تا انقلاب ۱۳۵۷ ایران از آزادی‌های دینی کامل و حقوق مدنی در ایران برخوردار بودند، همچنین برخی پستهای حکومتی را در اختیار داشتند. اما بعد از انقلاب ایران و به قدرت‌رسیدن مسلمانان شیعه در راس حکومت، تبعیض‌های اجتماعی و تبلیغات منفی از سوی حکومت و نهادهای وابسته به آن، علیه اصول دیانت بهائی و باورمندان به آن به شکلی «سازمان‌یافته»شکل گرفت.
پس از انقلاب ایران، بهائیان از حق تحصیل در دانشگاه‌ها و مشاغل دولتی و خدمت در ارتش محروم شدند، مجامع مذهبی آنها غیرقانونی اعلام و تعدادی از قبرستان‌های آنان در مناطق مختلف ایران مورد تخریب واقع شد.
مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی
بر طبق مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی جمهوری اسلامی ایران، بهائیان علاوه بر محرومیت از اشتغال در اماکن دولتی، از تحصیلات دانشگاهی نیز محروم می‌باشند. این مصوبه که به تاریخ ششم اسفند ۱۳۶۹ (۲۵ فوریه ۱۹۹۱۱) صادر شده و در بند سوم آن ذکر شده که باید از ثبت نام بهائیان در دانشگاه‌ها جلوگیری به عمل آید و چنانچه هویت بهائی فردی هنگام تحصیل احراز گردد باید از تحصیل محروم شود و همچنین در ۱۱ آبان ماه سال ۱۳۸۵ نیز مجدداً به تصویب شورای انقلاب فرهنگی و وزارت اطلاعات رسیده‌است بدین مضمون که بهائیان نمی‌توانند در دانشگاه‌ها ثبت نام کنند و در صورت ثبت نام باید اخراج گردند.
واکنش‌ها
برنارد لوئیس معتقد است که حکومت‌های اسلامی و جوامع مسلمان همواره در پذیرش ادیانی که پس از اسلام ظهور پیدا کرده‌اند و به خدای یگانه اعتقاد دارند (مانند بهائیان) دچار مشکل فراوان بوده‌اند؛ چرا که از یک سو نمی‌توان پیروان این آئین‌ها را همانند پیروان ادیان چندخدایی آسیا یا انیمیست در آفریقا سرکوب کرد و از سوی دیگر هم برخورد با آنها همانند مسیحیان و یهودیان بها دادن به آن‌هاست. به علاوه پذیرش آنها مغایر پذیرش ختمیت وحی در زمان زندگی پیامبر اسلام است.آدام سیلورشتاین معتقد است که به علت ضعف ایران در قرن بیستم مردم ایران به دنبال علتی برای این موضوع بودند و به همین تئوری‌های توطئه‌ای از اینکه یهودیان، بهاییان، فراماسون‌ها و… مقابل پیشرفت ایران می‌ایستند به وجود آمد و بین مردم و حتی قشرها تحصیل‌کرده جامعه محبوبیت یافت.
زندان بهائیان
- در تاریخ ۲۶ دی ۱۳۸۷ (۱۵ ژانویه ۲۰۰۹) سرهنگ سلیمان ملک‌زاده فرمانده نیروی انتظامی ویژه جزیره کیش اعلام کرد که نیروی انتظامی ایران، «هشت بهائی را در جزیره کیش بازداشت کرده‌است». به گفته وی «تمامی این افراد از خانواده‌های بهائی بودند و در بازرسی به عمل آمده از محل اقامت آنها در یکی از هتل‌های جزیره کیش، تعدادی کتب تازه به چاپ رسیده دربارهٔ بهائیت، کشف و ضبط گردید».
- در بامداد ۲۵ دی ۱۳۸۷ (۱۴ ژانویه ۲۰۰۹) مأموران امنیتی جمهوری اسلامی با حمله به منازل ۱۰ خانواده بهایی در تهران، ضمن تفتیش منازل و ضبط کتب مذهبی، عکس‌های خانوادگی و رایانه‌هایشخصی، چندین تن را بازداشت و به زندان اوین منتقل کردند. از افراد تحت بازداشت می‌توان به ژینوس سبحانی، شاهرخ طائف، عزیزالله سمندری، پیام اغصانی، دیدار رئوفی و نیما حقار نام برد.
- در تاریخ ۲۹ ژانویه ۲۰۰۸ میلادی (۹ بهمن ۱۳۸۶) علیرضا جمشیدی، سخنگوی قوه قضائیه جمهوری اسلامی در مصاحبه با خبرنگاران اعلام کرد که ۵۴ بهائی ایرانی به جرم «تبلیغ علیه نظام» در شهر شیراز به «یک تا چهار سال زندان» محکوم شده‌اند.
اعدام بهائیان
از ابتدای انقلاب ۵۷ ایران تا به حال، ۲۰۲ نفر از بهائیان به خاطر اعتقادشان به دین بهائی، توسط نظام جمهوری اسلامی اعدام شده‌اند. این افراد صرفاً به خاطر اعتقادات مذهبی خود تیرباران، اعدام یا به قتل رسیده‌اند.
برخی منابع دیگر هم معتقدند که این افراد از صاحب منصبان حکومت قبل بوده‌اند و اعدامشان ربط مستقیم به اعتقادات دینی نداشته‌است.
تخریب قبرستان‌های بهائیان
در روز دوشنبه هشتم مرداد هشتاد و شش جامعه بهائیان یزد در ایران متوجه شدند که گلستان جاوید (محل دفن نفوس بهائی) بار دیگر و برای چندمین بار در سالیان اخیر توسط ماشینهای سنگین یا کشاورزی تخریب شده‌است. این درحالی است که بیش از بیست سال است نفوس بهائی فوت شده در این مکان به خاک سپرده می‌شوند و از آخرین مراسم تدفین در این مکان بیش از دو ماه نمی‌گذرد برای بار دیگر در سالیان اخیر حرمت و حقوق این نفوس مورد تعدی و تعرض واقع شد.بهائی ستیزان با یورش به قبرستان‌های بهائی، سنگ قبرها را تخریب و بدترین رفتار را نسبت به مردگان بهائی ادا کردند. از جمله این تخریب‌ها می‌توان به تخریب قبرستان بهائیان در تهران، یزد و نجف آباد اشاره کرد که در طی ان، قبرستان بهائیان تهران به کلی تخریب و ویران گشت و بر روی آن، فرهنگسرا ساخته شد. تخریب قبرستان بهائیان در یزد به ویرانی کامل نینجامید و فقط سنگ قبرها شکسته و به مردگان اهانت شد.
- در بامداد دوم آبان ماه ۱۳۸۷ در اقدامی مشابه قبرستان (گلستان جاوید) جامعه بهایی در شهر قائمشهر واقع در استان مازندران تخریب شد. با این تفاوت که این بار این هتک حرمت بیش از پیش بوده‌است و قریب ۸۰۰ درصد از قبرها به وسیله لودر تخریب شده و تنها تعداد محدودی از قبور سالم مانده‌اند.
- ۲۹ دی ۱۳۸۷ هم یک کامیون و یک بلدوزر با همراهی تعدادی از نیروهای لباس شخصی در قبرستان بهائیان درزیکلا قائمشهر اقدام به جمع‌آوری سنگ قبور و مسطح نمودن زمین نمودند.
