محمد ملکی فرزند حسین در بیستم تیرماه ۱۳۱۲ در تجریش (شمیران) به دنیا آمد. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در تجریش و دارلفنون گذراند و سپس در دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران ادامه تحصیل داده و در سال ۱۳۴۰۰ در رشته بهداشت و صنایع غذایی فارغ‌التحصیل شده و بلافاصله به تدریس در دانشگاه تهران مشغول گردید و دوره‌های تخصصی این رشته را در اتریش و انگلستان گذراند. از سال ۱۳۳۰۰ فعالیتهای سیاسی را در سالهای آخر دبیرستان آغاز کرد و در جنبشهای دانشجویی و نهضت مقاومت ملی و جبهه ملی ایران اول ادامه داد و از فعالین مبارزه بود. در سال ۱۳۳۹ در ارتباط با ورود ریچارد نیکسون و فعالیتهای دانشجویی دستگیر و به زندان ساواک افتاد. بعد از آزادی به مبارزه علیه رژیم شاه ادامه داد. در جریان انقلاب رابط ایران و خارج از کشور در ارتباط با دانشجویان و دریافت پیام‌های آیت‌الله خمینی و تکثیر و توزیع آنها بود. تحصن‌های استادان دانشگاه‌ها و روحانیت در دانشگاه تهران با هماهنگی دکتر ملکی انجام شد و همچنین در کمیته استقبال از روح‌الله خمینی عضویت فعال داشت. بعد از پیروزی انقلاب با اصرار محمود طالقانی و حکم شورای انقلاب، مسئولیت ریاست دانشگاه تهران را در شرایطی قبول کرد که در دانشگاه، همه گروه‌های سیاسی چپ و راست و مجاهدین خلق و انجمنهای اسلامی و غیره دفترهایی داشتند و در همان حال در دانشکده فنی ۸ تانک چیفتن مستقر بوده و مسجد دانشگاه مملو از اسلحه‌هایی بود که مردم از پادگانها به غنیمت گرفته بودند. با تلاش سخت، بی وقفه و شبانه‌روزی هیئت رئیسه، دانشگاه تهران با سرعت آماده پذیرش دانشجویان گردید و به دنبال آن سایر دانشگاه‌های سراسر کشور شروع به فعالیت کردند.
دوران سرپرستی دانشگاه تهران توسط محمد ملکی تنها دوره‌ای بود که با اصرار وی به صورت شورایی متشکل از اساتید، دانشجویان و کارمندان اداره می‌شد و این شوراها، خود رئیس دانشکده و درنهایت رئیس دانشگاه را تعیین می‌کردند که ایشان پس از تشکیل این شوراها مجدداً به ریاست دانشگاه انتخاب شد. بعد از درگیریها و مشکلاتی که گروه‌ها ی فشار برای دانشگاه‌ها به وجود آوردند به بهانه انقلاب فرهنگی، دانشگاه‌ها تعطیل شد.
خروج از دانشگاه و دستگیری‌های مکرر
ا مخالفت و انتقادی که ایشان در جهت بسته شدن دانشگاه‌ها مطرح کرد، در ۱۲ تیرماه ۱۳۶۰ بدون ارائه مجوز و ذکر اتهام بازداشت، دستگیر و مدت ۵ سال را در سخت‌ترین شرایط و شکنجه‌ها در زندان جمهوری اسلامی به سر برد.
او دربارهٔ دوران زندانش در این سال می‌گوید:
پس از برگزیده شدنم به ریاست دانشگاه تهران، با یک کودتا به نام «انقلاب فرهنگی»، با حمله به دانشگاه‌ها و کشتار تعدادی از دانشجویان همراه با مجروح کردن و دستگیری جمعی از آنها، دانشگاه‌ها را بستند. شورای مدیریت دانشگاه تهران با این امر به مخالفت برخاستند، ولی حاکمیت آنها از جمله اینجانب را دستگیر و به بهانه مخالفت با امر رهبری (آیت الله خمینی) روانه زندان‌ها نمودند. ابتدا به اعدام و سپس به ۱۰ سال زندان محکوم گردیدم. در این مدت با بیرحمانه‌ترین رفتار از جمله زدن کابل به کف پا و سایر نقاط بدنم، آویزان کردن از سقف، کوبیدن سر به دیوار، زدن مشت و لگد که منجر به نابینائی چشم چپم و شکستگی استخوان مچ دست راستم شد و انواع شکنجه‌ها مواجه بودم. بعد از ۵ سال ظاهراً از زندان آزاد شدم ولی ماه‌ها باید هر چند روز یکبار خودم را به دادستانی معرفی می‌کردم تا مورد بازجوئی که خود نوعی شکنجه بود قرار می‌گرفتم.
پس از آزادی از زندان تقاضای بازنشستگی از دانشگاه را کرد که مورد موافقت قرار گرفت و به فعالیتهای فرهنگی، علمی، اجتماعی و تدریس در دانشگاه آزاد اسلامی و کارهای تحقیقاتی در زمینه تخصص خود پرداخت. دراین زمینه به تأسیس آزمایشگاه و مراکز تحقیقاتی و بهداشتی در کارخانجات مختلف صنایع غذایی مبادرت ورزید. همچنین وی بعد از انتقاد از مدیریت دانشگاه آزاد از تدریس در این دانشگاه نیز محروم شد.
در رابطه با کارهای علمی، فرهنگی و سیاسی، کتابها و مقالات متعددی از دکتر ملکی به چاپ رسیده که تعدادی از مقالات و اشعار ایشان از طرف وزارت ارشاد مجوز انتشار نیافته‌است. از کتابهای منتشر شده، کتاب «دانشگاه و جای امپریالیسم» و «مجموعه اشعار پیامبر آگاهی» که به سبک مثنوی و داستان زندگی پیامبر اسلام است و «قصه بودو نبود» که داستان مبارزه مردم فلسطین و انتفاضه برای کودکان به صورت شعر می‌باشد و مجموعه مقالات و یادداشتهای سیاسی -اجتماعی ایشان در دو جلد به نام «دیروز و امروز» -که جلد دوم آن اجازه چاپ نیافته‌است- را می‌توان نام برد.
ملکی از زمان آزادی از زندان در ۲۱ مرداد ۱۳۶۵ تا سال ۱۳۸۵ ممنوع‌الخروج بوده و امکان حضور در سمینارها و جلسات تحقیقی در زمینه تخصصی و علمی خود در خارج از کشور را نداشته است. وی همچنین در سال ۱۳۹۰ مجدداً در پی انتشار نامه‌ای سرگشاده به احمد شهید ممنوع‌الخروج گردید.
وی در تاریخ ۲۱ اسفند ۱۳۷۹ در منزل بسته نگار، داماد محمود طالقانی به همراه تعدادی از دوستان فعال ائتلاف نیروهای ملی - مذهبی توسط دادگاه انقلاب بدون ارائه مجوز دستگیر شد.
او دربارهٔ دوران زندانش در این سال می‌گوید:
در سال ۱۳۷۹ باتفاق ده‌ها فعال ملی ـ مذهبی به بهانه «براندازی» مجدداً دستگیر و مدت ۶ ماه در یکی از مخوف‌ترین زندانهای سپاه (عشرت آباد) در سلولهای انفرادی (یک متر در دو متر) زندانی شدم؛ سلولهایی که بنا به گفته حقوق‌دانان و روان‌پزشکان، زندانی بودن در آنها را «شکنجه سفید» می‌نامند. پس از حدود ۷ ماه تحمل زندان (شکنجه سفید) برای محاکمه آزاد شدم و در یک دادگاه غیرعلنی و غیرقانونی محکوم به ۷ سال زندان تعلیقی گردیدم.
ملکی در جریان اعتراضات مردم ایران به نتایج انتخابات ریاست جمهوری (۱۳۸۸)
به انتقاد از وضع موجود پرداخت. در تاریخ شنبه ۳۱ مرداد ۱۳۸۸، پنج مأمور که خود را «مأموران وزارت اطلاعات
» معرفی کرده و گفته بودند از قاضی حداد
، معاون دادستان تهران حکم دارند به خانه ملکی رفته و بعد از دو ساعت تفتیش منزل و سؤال و جواب از آقای ملکی، وی را به همراه هارد دیسک رایانه او، ۸۵ جلد کتاب و مقادیری از دستنوشته‌هایش دستگیر و با خود بردند.وی پس از تحمل ۱۹۱ روز حبس، در روز دوشنبه مورخ ۱۰ اسفند ۱۳۸۸ با قرار کفالت آزاد شد. او به دلیل بیماری حاد، چندین بار در طول مدت حبس خود بستری شده است. به گفته همسر ملکی، او به سرطان پروستات مبتلاست و از بیماری دیابت و نارسایی‌های قلبی نیز رنج می‌برد و عملاً در منزلش بستری بوده است.
در روز ۷ خرداد ۱۳۸۹ وی در اثر حمله قلبی در بیمارستان بستری شد.
ملکی از زندانی شدن در این سال می‌گوید: «در ۳۱ مرداد سال ۱۳۸۸ و درحالیکه دچار بیماری سرطان پروستات و بیماری قلبی آریتمی و فشارخون بودم و دوران شیمی درمانی را می‌گذراندم و از ناراحتی قلبی و سنکوپ‌های مرتب رنج می‌بردم، از بستر بیماری مستقیم به زندان اوین، بند مربوط به وزارت اطلاعات (بند۲۰۹)، بردند و در سلول انفرادی به مدت ۳۳ ماه زندانی شدم.»
