قتل‌های زنجیره‌ای، به قتل برخی از شخصیت‌های سیاسی و اجتماعی منتقد نظام جمهوری اسلامی در دههٔ هفتاد خورشیدی در داخل و خارج از ایران گفته می‌شود که به گفتهٔ برخی منابع با صدور فتوی توسط روحانیون بلندپایه و توسط پرسنل وزارت اطلاعات در زمان وزارت علی فلاحیان (وزیر اطلاعات دوران ریاست‌جمهوری هاشمی رفسنجانی) و قربانعلی دری نجف‌آبادی (اولین وزیر اطلاعات در دولتمحمد خاتمی) صورت گرفت.
وزارت اطلاعات طی اطلاعیه بی‌سابقه‌ای، عوامل قتل‌ها را معدودی از همکاران کج‌اندیش و خودسر که آلت دست عوامل پنهان و مطامع بیگانگان شده‌اند نامید. محمد خاتمی رئیس جمهور وقت، تیمی خارج از وزارت اطلاعات و بدون حضور وزیر وقت را مسئول رسیدگی به پرونده کرد. این تیم پس از یک ماه تحقیق، دست‌داشتن مقامات بلند پایهٔ وزارت اطلاعات در قتل‌ها را اعلام و عوامل را دستگیر کرد. دری نجف‌آبادی وزیر وقت اطلاعات، بلافاصله توسط خاتمی برکنار و یونسی جایگزین وی شد.
دادگاه قتل‌های زنجیره‌ای پس از توقیف مطبوعات در بهار ۷۹، دستگیر و زندانی کردن روزنامه‌نگاران پیگیر موضوع (اکبر گنجی و عمادالدین باقی) بدون حضور هیئت منصفه و در حالی که خانوادهٔ مقتولان در اعتراض به نحوهٔ رسیدگی در جلسات دادگاه حضور نیافتند، با محکوم کردن عوامل وزارت اطلاعات به چند سال زندان بسته شد.
گرچه در مجموع قتل‌ها در طول چندین سال اتفاق افتاده، قربانیان این قتل‌ها بیش از ۸۰ نفر از نویسندگان، مترجمان، شاعران، کنش‌گرایان سیاسی و شهروندان عادی بودند که با روش‌های گوناگونی مانند تصادف خودرو، ضربات چاقو، تیراندازی در سرقت‌های مسلحانه و تزریق پتاسیم به منظور شبیه‌سازی حمله قلبی به قتل رسیدند.در پاییز و زمستان سال ۱۳۷۷ (۱۹۹۸۸ میلادی) و هنگام به قتل رسیدن داریوش فروهر، پروانه اسکندری و سه نویسندهٔ مخالف نظام، در عرض ۲ ماه به عنوان یک بحران جدی مطرح شدند.
بسیاری بر این باورند که قتل‌ها، به منظور ایجاد مانع برای تلاش محمد خاتمی و اصلاح‌طلبان و حامیانش، برای ایجاد فضای باز سیاسی و فرهنگی و برقراری آزادی بیان در کشور صورت گرفته‌اندو افرادی که در این زمینه مقصر شناخته شده‌اند، خود قربانیانی بودند که از مقامات بالای نظام دستور می‌گرفتند.با این وجود، بنیادگرایان یا جناح حاکم در کشور، که مخالف جدی دگراندیشان و اصلاح‌طلبان محسوب می‌شوند، عاملان قتل‌ها را «ابرقدرت‌های خارجی» و به‌خصوص اسرائیل دانستند که از آن جمله می‌توان به اولین واکنش سید علی خامنه‌ای در نماز جمعهٔ تهران، که قتل‌ها را به دشمنان خارجی منسوب کرد، اشاره کرد.
افشای قتل‌ها
داریوش فروهر (رهبر حزب ملت ایران) و همسرش پروانه اسکندری عصر ۱ آذر سال ۱۳۷۷ در منزل شخصی‌شان واقع در محلهٔ فخرآباد تهران با ضربات چاقو به قتل رسیدند و جسدشان به نحو فجیعی مثله شد. به گفته برخی روزنامه‌نگاران سینه‌های پروانه اسکندری بریده شده بود. در روزهای ۱۲ و ۱۸ آذر، جسد دو نویسندهٔ دیگر محمد مختاری و محمدجعفر پوینده پس از چند روز بی‌خبری در جاده‌های اطراف شهر و جسد معصومه مصدق (نوه دکتر مصدق که تازه به کشور بازگشته بود) در منزل شخصی‌اش پیدا شد.
با توجه به بازبودن نسبی فضای مطبوعاتی و سیاسی ایران در آن دوره نسبت به سال‌های قبل، افشای این قتل‌ها بازتاب‌هایی در داخل و خارج از کشور داشت و رسانه‌های بین‌المللی آن را چالشی بزرگ در مسیر اصلاحات در ایران دانستند.
گمانه‌زنی‌های نخستین
تا پیش از روشن شدن نقش وزارت اطلاعات در قتل‌های زنجیره‌ای و در کل دوره‌ای که رسانه‌های منتقد و اصلاح طلب احتمال دست داشتن نیروهای حکومتی در قتل‌ها را مورد اشاره قرار می‌دادند، هیچ‌کدام از نشریات یا فعالان محافظه‌کار چنین احتمالی را مطرح نکرده بود. در طول همین مدت، گمانه زنی‌هایی گسترده در سطح نشریات و محافل محافظه کار ایران مطرح می‌شد که قتل‌ها را به عاملانی غیر از وزارت اطلاعات ایران نسبت می‌دادند.
جمعیت موتلفه اسلامی در روزنامه آریا در تاریخ ۱۰ آذر ۱۳۷۷ احتمال داد که قتل‌ها نتیجه نوعی تصفیه‌های درون گروهی باشد. مسعود ده‌نمکی از چهره‌های انصار حزب‌الله، در روزنامه ایران در تاریخ ۲۳ آذر ۱۳۷۷، به نیروهای امنیتی و اطلاعاتی توصیه کرد که عاملان قتل‌ها را از میان دگراندیشان پیدا کنند. جمعیت ایثارگران انقلاب اسلامی در ۲۶ آذر همان سال با صدور بیانیه‌ای باند مهدی هاشمی را یکی از متهمان احتمالی قتل‌ها دانست، و سه هفته بعد در ۱۷ دی ۱۳۷۷، روزنامه کیهان خبری در مورد ارتباط یکی از دستگیرشدگان در رابطه با قتل‌های زنجیره‌ای با باند مهدی هاشمی منتشر کرد.روزنامه جمهوری اسلامی در ۲۳ آذر خبر داد که دستگاه‌های امنیتی ایران فهمیده‌اند که قتل‌ها توسط دستگاه‌های جاسوسی خارجی و با هدف خدشه دار کردن چهره نظام جمهوری اسلامی ایرانانجام شده است. محمدرضا باهنر، عضو هیئت رئیسه مجلس پنجم، اعلام کرد که عاملان قتل‌ها یا به گروه مهدی هاشمی و جریانات قم ارتباط دارند یا به مجاهدین یا تحت تأثیر سرویس‌های اطلاعاتی خارجی بوده‌اند. روزنامه قدس وابسته به آستان قدس رضوی و روزنامه جمهوری اسلامی نیز سازمان مجاهدین خلق را متهم اصلی پرونده معرفی کردند. حبیب‌الله عسگراولادی در تحلیلی متفاوت، قتل‌های زنجیره‌ای را کار کردهای طرفدار ترکیه و مخالفان عبدالله اوجالان دانست. در ۲۱ دی همان سال، روح‌الله حسینیان در ادعایی خبرساز، عاملان قتل‌ها را از طرفداران جناح اصلاح‌طلب و هواداران رئیس‌جمهور محمد خاتمی معرفی کرد.
پیگیری قتل‌های زنجیره‌ای در مطبوعات
قتل‌های زنجیره‌ای از زمان برملاشدن تا سال‌ها بعد، فضای مطبوعاتی ایران را کاملاً تحت تأثیر خود قرار داد و نشریات زیادی از طیف‌های سیاسی گوناگون به این قتل‌ها پرداخته و همچنان می‌پردازند. در حالی که نگاه مطبوعات اصلاح‌طلب به عاملان داخلی و حکومتی قتل‌ها بود، روزنامه‌های راست‌گرا کوشیدند تا عوامل این قتل‌ها را غیرحکومتی یا بنابر تحلیل مورد نظر رهبر ایران، آنها را عامل بیگانگان و دشمنان و مخالفان نظام جمهوری اسلامی معرفی کنند.
دو روزنامه خرداد و صبح امروز بیشترین تحلیل‌ها و اخبار مربوط به ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای را منتشر کردند و در حالی که ابعاد گسترده این قتل‌ها نمایان می‌شد، آن را به پرونده‌ای ملی تبدیل نمودند.سعید حجاریان، مدیرمسئول روزنامه خرداد می‌گوید که ما تلاش کردیم تا هیچ شماره‌ای از روزنامهٔ صبح امروز بدون مطلبی پیرامون قتل‌های زنجیره‌ای منتشر نشود.انتشار پیاپی اخبار و سلسله مقالاتی از اکبر گنجی و عمادالدین باقی، در این میان بسیار اثرگذار بود.
در ۸ آذر ۱۳۷۷، روزنامه رسالت خبر از دستگیری چند نفر در ارتباط با قتل فروهرها داد و آنها را از نزدیکان و افرادی که به خانه وی رفت‌وآمد داشته‌اند، معرفی کرد.
۱۰ آذر ۱۳۷۷، حسین شریعتمداری در سرمقاله روزنامه کیهان نوشت که عاملان این جنایت را در میان دوستان و آشنایان فروهر هستند که افراد وابسته به جریان‌های مخالف نظام، عناصر ضدانقلاب، خبرنگاران رادیوها و رسانه‌های بیگانه بوده‌اند و رابطه قاتل یا قاتلان با سرویس‌های جاسوسی آمریکا و دنباله‌های داخلی آنها کشف خواهد شد.
در ۲۴ آذر ۱۳۷۷، روزنامه کیهان به نقل از آیت‌الله خامنه‌ای نوشت که دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد؛ و از اینکه عده‌ای نظام جمهوری اسلامی را در این قتل‌ها شریک می‌دانند انتقاد کرد.
در ۱ دی ۱۳۷۷، روزنامه جمهوری اسلامی قتل‌ها را با سازماندهی سازمان سیا دانست که هدف آن احیای کانون نویسندگان می‌باشد، تا بتوانند با گرفتن مجوزِ فعالیتِ مجدد، از این کانون به عنوان اهرم بزرگ فرهنگی غرب در این کشور استفاده کنند.در ۶۶ دی نیز همین روزنامه نوشت که این قتل‌ها توطئه‌ای است که نیروهای امنیتی نظام، در معرض حمله قرار گیرند و به سهل‌انگاری، سوء مدیریت، ناتوانی و بی‌کفایتی متهم شوند. تا ساختار امنیتی کشور از حالت فعال خارج شده و در موضع انفعالی قرار گیرد.
در ۲ دی‌ماه ۱۳۷۷، روزنامه رسالت با انتشار یادداشتی از محمدکاظم انبارلوئی قتل‌های زنجیره‌ای را کار عاملان سازمان سیا و پنتاگون دانست که در پوشش گروه‌های توریستی به تهران رفت‌وآمد دارند.
در ۱۵ دی‌ماه ۱۳۷۷، پس از انتشار اطلاعیه گروه فدائیان اسلام ناب محمدی مصطفی نواب توسط روزنامه صبح امروز و درخواست روزنامه سلام برای شناسایی عوامل امنیتی داخلی دخیل در قتل‌ها، وزارت اطلاعات با انتشار اطلاعیه‌ای اعلام کرد «معدودی از همکاران مسئولیت ناشناس، کج اندیش و خودسر این وزارت که بی شک آلت دست عوامل پنهان قرار گرفته و جهت مطامع بیگانگان دست به این اعمال جنایتکارانه زده‌اند».
اطلاعیه رسمی وزارت اطلاعات
بر اثر پافشاری رئیس جمهور وقت، محمد خاتمی، وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۷۷ طی اطلاعیه‌ای که قبلاً نظیر آن در هیچ وزارت‌خانهٔ جمهوری اسلامی دیده نشده بود به صورت رسمی اعلام کرد که عده‌ای از اعضای آن وزارتخانه در طراحی قتل‌ها دست داشته‌اند. متن این اطلاعیه به شرح ذیل بود:
وقوع قتل‌های نفرت‌انگیز اخیر در تهران، نشان از فتنه‌ای دامن‌گیر و تهدیدی برای امنیت ملی داشته‌است. وزارت اطلاعات بنابه وظیفهٔ قانونی و به دنبال دستورات صریح رهبری و ریاست جمهوری، کشف و ریشه‌کنی این پدیدهٔ شوم را در اولویت کاری خود قرار داد و با همکاری کمیتهٔ ویژهٔ تحقیق رئیس‌جمهوری، موفق گردید شبکهٔ مزبور را شناسایی، دستگیر و تحت تعقیب و پیگرد قانونی قرار دهد و با کمال تاسف، معدودی از همکاران مسئولیت ناشناس، کج‌اندیش و خودسر این وزارت که بی‌شک آلت دست عوامل پنهان قرار گرفته و در جهت مطامع بیگانگان دست به این اعمال جنایتکارانه زده‌اند، در میان آنها وجود دارند. این اعمال جنایتکارانه نه تنها خیانت به سربازان گمنام امام زمان (عج محسوب می‌شود، بلکه لطمهٔ بزرگی به اعتبار نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران وارد آورده‌است. وزارت اطلاعات ضمن محکوم کردن هر جنایت علیه انسان‌ها و هرگونه تهدید امنیت شهروندان و درک عمیق از ابعاد فراملی این فاجعه، عزم قاطع خود را در ریشه‌کنی عوامل و محرکان خشونت سیاسی و تضمین امنیت اعلام داشته و به امت شریف ایران اطمینان می‌دهد همان‌گونه که در فراز و نشیب‌های انقلاب اسلامی، حافظ امنیت و استقلال کشور و حقوق شهروندان بوده‌است، این‌بار نیز با تمام توان و امکانات خود بقایای باندهای منحرف و قانون‌ستیز را مورد هجوم قرار داده و سایر سرنخ‌های داخلی و خارجی این پروندهٔ پیچیده را برای دستیابی به دیگر عوامل این فتنه دنبال خواهد کرد.
روزنامه سلام یک روز قبل از انتشار این اطلاعیه، در یادداشتی، پشت پردهٔ قتل‌های زنجیره‌ای را اینچنین روایت کرده بود:
برکناری وزیر اطلاعاتنمیتوان تصور کرد افرادی از درون قدرت به مرحله‌ای از انحراف و ضلالت رسیده باشند که انجام جنایاتی از این نوع را مشروع بدارند و بپندارند با چنین جنایات و ظلم‌هایی می‌توان به اسلام و نظام اسلامی خدمت و آن را تقویت کرد.
دری نجف‌آبادی بعدها خاطر نشان کرد: هنگامی که مسئولیت وزارت اطلاعات را به عهده گرفت، سعید امامی معاون بررسی وزارتخانه بود و به دلیل حساسیتی که نسبت به وی وجود داشت، او را از این سمت برکنار کرد و به وی حکم مشاور را داد و سپس مصطفی کاظمی (متهم دیگر پروندهٔ قتل‌ها) را به آن دلیل که رابطهٔ نزدیکی با جبههٔ دوم خرداد و ستاد انتخاباتی خاتمی داشته با تأیید محمد خاتمی رئیس‌جمهور وقت به سمت معاونت خود برگزیده‌است.بهمن ماه قربانعلی دری نجف آبادی وزیر اطلاعات وقت از سمت خود استعفا داد. نجف آبادی بارها در مصاحبه‌ها گفته بود که از قتل‌های صورت گرفته توسط پرسنل وزارت اطلاعات، بی اطلاع است. دادستان مجتمع قضایی نیروهای مسلح تنی چند از مسولین عالی رتبهٔ وزارت اطلاعات را دستگیر کرد. از این افراد می‌توان به سعید امامی مشاور وزارت و معاون سابق امنیت وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی (در زمان تصدی فلاحیان)، مصطفی کاظمیمعاون امنیت وزارت اطلاعات در زمان انجام قتل‌ها و اکبر خوش‌کوش رئیس گروه ضربت وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی اشاره کرد.
دادگاه قتل‌های زنجیره‌ای
دادگاه متهمان قتل‌های زنجیره‌ای بدون حضور خانوادهٔ مقتولان و وکلای آنها نیز به صورت غیرعلنی تشکیل شد و رئیس دادگاه اعلام کرد که پس از استماع نظر و استدلال معاون دادستان نظامی تهران، چون علنی بودن دادرسی را موجب اخلال در امنیت و نظم عمومی تشخیص داده، مستند به بند ۳ ماده ۳۲۷ قانون آیین دادرسی کیفری و اصل ۱۶۵ قانون اساسی، قرار دادرسی غیرعلنی را صادر نموده است.
دادگاه در فاصله ۳ تا ۳۰ دی ۷۹ به صورت غیرعلنی و بدون حضور هیچ‌یک از وکلا یا اعضای خانوادهٔ مقتولان به ریاست محمدرضا عقیقی رئیس شعبهٔ دادگاه نظامی یک تهران برگزار شد.
با برگزاری ۱۲ جلسه دادگاه محرمانه و غیرعلنی در نهایت شعبهٔ یک دادگاه نظامی تهران به ریاست قاضی عقیقی در حکمی مصطفی کاظمی قائم مقام وقت معاونت امنیتی وزارت اطلاعات و مهرداد عالیخانی مدیرکل وزارت اطلاعات را به جرم آمریت و صدور دستور چهار فقره قتل به چهار بار حبس ابد محکوم کرد.
علی روشنی مسئول وقت حراست بهشت زهرای تهران به جرم مباشرت در قتل محمد مختاری و محمد جعفر پوینده به دو فقره قصاص نفس و محمود جعفرزاده عضو اداره عملیات وزارت اطلاعات را به جرم مباشرت در قتل داریوش فروهر به یک فقره قصاص نفس محکوم شدند. همچنین علی محسنی دیگر عضو ادارهٔ عملیات وزارت اطلاعات را به جرم مباشرت در قتل پروانه اسکندری (فروهر) به یک فقره قصاص نفس پس از پرداخت نصف دیهٔ کامل به قاتل محکوم شد.
حمید رسولی و محمد عزیزی (وزارت اطلاعات) از مدیران میانی وزارت اطلاعات هر دو به جرم آمریت و صدور دستور در راستای اجرای دو فقره قتل آقای داریوش فروهر و خانم اسکندری به دو فقره حبس ابد محکوم شدند. خسرو براتی به جرم معاونت در قتل به ده سال زندان و اصغر سیاح به شش سال زندان محکوم شدند و سایر متهمان شامل ابوالفضل مسلمی، مصطفی کاظمی، محمدحسین اثنی‌عشر، علی صفایی‌پور و علی ناظری به دو و نیم تا چهار سال زندان محکوم شدند.
دادگاه ۳ نفر از اعضای بازداشت‌شدهٔ وزارت اطلاعات را تبرئه کرد و متهمان همگی به غیر از خسرو براتی از اعضای رسمی وزارت اطلاعات بودند.
با اعتراض وکلای متهمان قتل‌های زنجیره‌ای رای دادگاه در دیوان عالی کشور نقض شد و محمد عزیزی و علی روشنی در شعبهٔ پنجم دادگاه نظامی تهران به تغییر عنوان اتهام مواجه شدند. مجازات محکومان به قصاص نیز به دلیل آنچه گذشت خانوادهٔ مقتولان ذکر شد، به ۱۰ سال زندان کاهش یافت.
متهمین و محکومین
علی فلاحیان
علی فلاحیان در دو دولت هاشمی رفسنجانی برای مدت ۸ سال وزیر اطلاعات بود. او از آغاز انقلاب مناصب مهمی همچون حاکم شرع، دادستان دادسرای ویژه روحانیت، و قائم مقام وزارت اطلاعات را نیز عهده‌دار بوده است. فلاحیان سعید امامی را به معاونت امنیتی وزارت اطلاعات برگزید و به نظر می‌رسد که طرح «قتل‌های درمانیcv» از جمله طرح‌های ساخته و پرداخته او بوده باشد.
در اسناد بازجویی سعید امامی آمده است: «من از آغاز انقلاب تا به امروز سرباز گوش به فرمان نظام مقدس اسلامی و مقام ولایت بوده و هستم، هیچگاه بدون کسب اجازه یا بدون دستورات مقامات عالی نظام کاری انجام نداده‌ام. حکم اعدام داریوش فروهر و پروانه اسکندری را به روال معمول همیشگی علی فلاحیان به من داد.»
احکام اعدام سایر محاربین قبلاً در زمان وزارت فلاحیان صادر شده بود. از مدتها پیش قرار بر این بود که عوامل مؤثر فرهنگی وابسته که توطئه تهاجم فرهنگی را در ایران پیاده می‌کردند و جمعاً صد نفر بودند اعدام شوند. حکم حذف ۲۹ نفر از نویسندگان از مدتها پیش مشخص و صادر شده بود که در مورد ۷ تن از آن عناصر، احکام در دوره وزارت علی فلاحیان اجرا شده بود.»
قربانعلی دری نجف‌آبادی
در اسناد بازجویی سعید امامی آمده است: وقتی حکم اعدام فروهرها به ما ابلاغ شد پرسیدیم که تکلیف احکام معطل مانده اعضای کانون نویسندگان چه می‌شود که حاج آقا دری نیز گفتند هرچه سریع‌تر اقدام شود بهتر است و این بار نیز مثل ماقبل انجام شد با فرق اینکه بجای ابلاغ از سوی فلاحیان امور از طریق حاج آقا دری نجف‌آبادی هماهنگ می‌شد. فلاحیان با وجود آنکه خود حاکم شرعبود، اما معمولاً و در موارد حساس احکام حذف محاربان را شخصاً صادر نمی‌کرد. او این احکام را از آیت‌الله خوشوقت، آیت‌الله مصباح، آیت‌الله خزعلی، آیت‌الله جنتی و گاهی” نیز از محسنی اژه‌ای دریافت می‌کرد و بدست ما می‌داد. ما فقط به آقایان اخبار و اطلاعات می‌رساندیم و بعد هم منتظر دستور می‌ماندیم»
شیرین عبادی، برندهٔ جایزهٔ صلح نوبل و فعال حقوق بشر در مصاحبه با روزنامهٔ زود دویچه تسایتونگ گفته است که: «من پس از انجام وظایف کاری به عنوان یک وکیل و همچنین زمانی که در عرصهٔ حقوق بشر فعال شدم، نامم در لیست مرگ رژیم قرار گرفت». وی در پاسخ به سؤال خبرنگار روزنامهٔ آلمانی زود دویچه تسایتونگ مبنی بر این که «موضوع لیست ترور چیست؟» گفت: «به‌طور اتفاقی، من با همکاران وکیلم در حال بررسی موضوع قتل نیروهای اپوزیسیون در ایران بودیم که ناگهان اسم خودم را در لیست ترورهای آینده مشاهده کردم. مسئولین دقت نکرده بودند که اسم من را از لیست موجود در پروند پاک کنند. لیست به امضاء وزیر اطلاعات وقت آقای قربانعلی دری نجف‌آبادی مزین است. پس از انتشار لیست مذکور و آغاز اعتراضات زیاد، ایشان چاره‌ای جز استعفا نداشت».
دستوردهندگان احتمالی قتل‌های زنجیره‌ای
در اسناد بازجویی سعید امامی آمده است: «علی فلاحیان با وجود آنکه خود حاکم شرع بود، اما معمولاً و در موارد حساس احکام حذف محاربان را شخصاً صادر نمی‌کرد. او این احکام را از آیت‌الله خوشوقت، آیت‌الله مصباح، آیت‌الله خزعلی، آیت‌الله جنتی و گاهی نیز از محسنی اژه‌ای دریافت می‌کرد و به دست ما می‌داد. ما فقط به آقایان اخبار و اطلاعات می‌رساندیم و بعد هم منتظر دستور می‌ماندیم».
سعید امامی (اسلامی)
سعید امامی یا سعید اسلامی از مأمورین بلندپایه وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران و از معاونین علی فلاحیان از زمان وزارتش بود. او در زمان قتل‌های زنجیره‌ای در وزارت اطلاعات مشاور بود.
سعید امامی پنجم بهمن ماه سال ۷۷ بازداشت شد ولی نام او و سایر متهمان بازداشت شده به رسانه‌ها راه نیافت تا آنکه آخرین روزهای خرداد ۷۸ اخباری از برخی از بازداشت شدگانی که سمت‌هایی در حد مدیرکل را در وزارت اطلاعات بر عهده داشتند در برخی از روزنامه‌ها انتشار یافت. رئیس وقت سازمان قضائی نیروهای مسلح سعید امامی را یکی از چهار عامل اصلی قتل‌های زنجیره‌ای معرفی کرد و گفت: «عاملان اصلی با توجه به تحقیقات انجام گرفته مصطفی کاظمی، مهرداد عالیخانی، خسرو براتی و سعید امامی هستند.» نیازی کمترین مجازات سعید امامی را اعدام اعلام کرد و گفت: «با توجه به مدارک موجود و اعتراف‌های صریح سعید امامی، وی هیچ گونه راه فراری نداشت و اگر با این اتهامات به دادگاه می‌رفت حکم او اعدام بود.»
چند ماه بعد، در تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۷۸، دادستان مجتمع قضایی نیروهای مسلح طی اطلاعیه‌ای مدعی شد که سعید امامی که بالاترین عضو و مسئول اصلی «قتل‌های خودسرانه» معرفی شده بود، در زندان اوین، هنگام استحمام، با خوردن داروی نظافت، خودکشی کرده‌است.
بسیاری احتمال دادند که او برای جلوگیری از افشای بسیاری از مسائل مربوط به وزارت اطلاعات و ارتباط آن با قتل‌ها، در زندان کشته شده‌است. برخی دوستان سعید امامی از جمله روح‌الله حسینیان ادعا کردند «سعید امامی کشته شد تا طراحی قتل‌ها را به گردن او بیندازند.» بسیاری از اصلاح‌طلبان نیز مدعی شدند سعید امامی کشته شد تا آمران اصلی قتل‌های زنجیره‌ای معرفی نشوند.
مطبوعات ایران، امامی را نه تنها در قتل فروهرها، مختاری، پوینده و شریف مسئول دانستند، بلکه از او به عنوان یکی از عوامل قتل‌های دهه ۶۰ و ۷۰ شمسی شامل ترور سعیدی سیرجانی، واقعهترور میکونوس، ماجرای اتوبوس ارمنستان (عملیات ناموفق به دره افکندن اتوبوس حامل ۲۱ تن از نویسندگان و روشنفکران) و مرگ غیرمنتظره احمد خمینی فرزند روح‌الله خمینی (بنیانگذار جمهوری اسلامی) نام بردند.
مصطفی کاظمی
حسینیان می‌گوید که مصطفی کاظمی (موسوی) در اعترافاتش برنامه‌ریزی، دستور و مدیریت پروژه قتل‌ها را پذیرفته است: «آقای موسوی همه جریان را پذیرفته، خودش دستور داده. برنامه ریخته و شخصاً مدیریت پروژه قتل‌ها را هم پذیرفته است.»
او می‌گوید: «در این ماجرا، مدتی قبل از اینکه این قتل‌ها شروع بشود، آقای موسوی خدمت آقای خاتمی می‌رسد، ناگفته نماند که برای معاونت امنیت هم از طرف ریاست جمهوری، آقای موسوی پیشنهاد شده بود به آقای دری که ایشان به عنوان معاون امنیت نصب شود اما به ادله مختلف پذیرفته نشد. اما به عنوان جانشین معاون امنیت منصوب شد. قبل از اینکه این قتل‌ها به وقوع بپیوندد، ایشان خدمت رئیس‌جمهوری می‌رسد و مطلبی را اعلام می‌کند و می‌گوید که در وزارت اطلاعات، سناریویی در حال تدوین است و می‌خواهند عده‌ای را به قتل برسانند تا باعث سقوط دولت شما بشود. هنوز از قتل‌ها خبری هم نبود و حتی با یکی از مشاورین ریاست جمهوری هم تماس تلفنی گرفته و این جریان را گفته که خوشبختانه نوارش موجود است و ضبط شده این مکالمه. بعد از مدتی قتل‌ها شروع شد.»
اعترافات متهماندر بهمن ۱۳۷۸، فیلم اعترافات شش تن از متهمان قتل‌های زنجیره‌ای با حضور نیازی رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح و عهده‌دار رسیدگی به پرونده قتل‌ها، در جلساتی جداگانه برای آیت‌الله خامنه‌ای، سران سه قوه و در جلسه غیر علنی مجلس پنجم، برای نمایندگان پخش شد که عکس‌العمل‌های متفاوتی را دربرداشت. متهمان در این فیلم مدعی همکاری با اف‌بی‌آی، سازمان سیا وموساد شده بودند.
اغلب نمایندگان جناح چپ (اصلاح‌طلب)، فیلم اعترافات را ابهام‌آمیز و فاقد ارزش حقوقی خواندند و پخش سراسری آن را نیز خلاف مصالح دانستند. برخی نمایندگان جناح راست نیز وابستگی این افراد به نهادهای خارجی را قبول نکردند. علیرضا غنی‌زاده، نماینده مردم ارومیه در مجلس پنجم در مورد فیلم نمایش داده‌شده اظهار کرد که در فیلم، متهمان اعتراف کردند که در تلاش برای ممانعت از پیگیری پروندهٔ قتل‌ها، نزد مسئولین رفته تا این‌گونه القا کنند که روند دستگیری‌ها، باعث ایجاد سستی در روحیهٔ نیروهای اطلاعاتی شده و موجب سوء استفاده مخالفین می‌شود، به همین دلیل با بمب‌گذاری در مشهد، قصد فراهم آوردن سوژهٔ تبلیغاتی این موضوع را داشتند. اما در مقابل این افراد، رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح، نیازی، ضمن تأکید بر واقعی بودن اعترافات و نبود هیچ‌گونه فشار برای اعتراف گرفتن از متهمان، از انتشار گسترده گوشه‌هایی از این فیلم در داخل و خارج از کشور، گلایه کرد.
